Seit einiger Zeit bietet Dr. Eli Meyer (Meeresbiologe mit beachtlicher Publikationsliste und spezialisiert auf Korallen-Mikrobiome) mit seinem Unternehmen Aquabiomics "Community-Analysen" des Mikrobioms in Meerwasseraquarien an.
Oceamo arbeitet mit Aquabiomics zusammen und macht diese innovative Analysyen-Methode erstmals für interessierte RiffaquarianerInnen in Europa zugänglich.
Damit können wir gemeinsam einen bisher nicht dagewesenen Umfang an chemischen und biologischen Informationen zu Eurem Becken liefern (Oceamo Meerwasser Laboranalyse & Aquabiomics Mikrobiomanalyse).
1: Wie funktioniert die Mikrobiom Analyse?
Ähnlich zur chemischen Meerwasseranalyse wird ein Probenahme-Set bestellt. Mit Hilfe des Probenahmesets werden a) Mikroorganismen aus dem Freiwasser auf einem speziellen Filter angereichert und fixiert sowie b) Mikroorganismen aus einem Abstrich aus Eurem Aquarium fixiert.
Ein Video zur Probenahme auf englisch ist hier verfügbar, ein Video in Deutsch werden wir Euch demnächst zur Verfügung stellen.
Anschließend wird die Probe zu Oceamo gesendet. Wir kümmern uns um den Weitertransport in das Aquabiomics Labor und stehen Euch mit Support zur Seite.
2. Was passiert im Aquabiomics Labor?
Die Gesamt-DNA (genetische Information) wird aus den Proben isoliert. Danach wird die DNA mittels der Analysentechnik Next generation Sequencing (NGS) analysiert. In den letzten Jahren wurden bei dieser Technik so bedeutende Fortschritte erzielt, dass diese inzwischen vergleichsweise günstig angeboten werden kann.
Durch NGS werden enorme Datenmengen erzeugt, welche dann bioinformatisch ausgewertet werden. So kann die DNA in den Proben unterschiedlichen Bakterienstämmen zugeordnet werden - es ist also möglich zu bestimmen welche Bakterien in Eurem Aquarium vorkommen, und in welcher relativen Häufigkeit. Diese Gesamtheit der Bakterien wird auch als "Bakterien-Community" oder "Mikrobiom" bezeichnet.
Dies ermöglicht einen ganz neuen Blickwinkel, und hilft mit Sicherheit zukünftig Probleme im Becken zu erkennen und auch zu beheben.
3. Was ist im Aquabiomics-Analysebericht enthalten?
Ihr erhaltet einen Überblick über die Diversität an Bakterienstämmen in Eurem Becken, sowie einen Vergleich zu durchschnittlichen Riffaquarien. Dabei ist ein möglichst diverses Mikrobiom erstrebenswert.
Zudem erhaltet Ihr eine Auflistung welche Bakterienstämme in welcher relativen Häufigkeit nachgewiesen werden konnten.
Zusätzlich werden Ammonium-Oxidierende und Nitrit-Oxidierende Bakterien, sowie bekannte Korallen- und Fischpathogene Bakterien gesondert angegeben.
Jeder Bericht wird durch eine persönliche Auswertung von Eli Meyer begleitet, ähnlich wie Ihr es auch von Oceamo Laboranalysen kennt. Dabei wird spezifisch auf euer Becken eingegangen.
Einen Beispielbericht aus dem Oceamo Schaubecken findet Ihr hier:
4. Können "nur" Bakterien nachgewissen werden?
In der Standard-Aquabiomics Analyse werden Prokaryoten (Bakterien) analysiert. Es befindet sich jedoch eine Analysen auf Eukaryoten in der Beta-Testphase. - Diese Eukaryoten Analyse wird bei Eurer Probe kostenlos mit durchgeführt,
Damit kann die DNA typischer Krankheitserreger wie Cryptocarypon irritans, Amyloodinium ocellatum, Uronema marinum,... und auch von Korallenparasiten wie Acropora-fressenden Strudelwürmern (AEFW) oder Montipora-fressenden Nacktschnecken nachgewiesen werden.
5. Wie lange dauert eine Aquabiomics Analyse?
Die Analyse dauert länger als typische Meerwasser-Laboranalysen. Dies liegt an den Transportwegen in die USA, aber auch an einer sehr umfangreichen Auswertung. Deswegen kann es zu Wartezeiten von 4-6 Wochen kommen bis zum Ergebnis kommen (also nichts für Ungeduldige ;-)).
Wir publizieren auf oceamo.com wann der nächste Probentransport in die USA erfolgt, so dass Ihr Eure Probe mit optimalem Timing einsenden könnt.
Für alle weiteren Fragen wendet Euch am besten an office@oceamo.at